Das eindrucksvollste Bauwerk Stapelages ist die Kirche. Ihre Gründung geht in die karolingische Zeit zurück. Wahrscheinlich befand sich hier eine den heidnischen Göttern geweihte Kultstätte. Spätestens als die Karolinger den sächsischen Hof in eine karolingische curtis (Gutshof) verwandelten, baute man an der Stelle der Kultstätte eine dem Apostel Petrus geweihte kleine Kirche.

Ausgrabungen und Bauforschungen haben sechs Steinbauperioden ergeben: Zuerst einen kleinen Saalbau, dann einen turmartigen Vorbau im Westen mit einem christlichen Doppelgrab. Bald nach 800 wurde der Westturm abgerissen und die Saalkirche bis über das Doppelgrab erweitert. Dabei entstand ein karolingisches Westwerk mit Vorhalle und Herrschaftsempore. Um 1100 wurde anstelle des Westwerkes ein romanischer Turm errichtet, dessen Erdgeschoß eine Taufkapelle erhielt. Über ihr befand sich die Herrschaftsempore für den Gerichts- und Gaugrafen des Havergau.

Um 1321 erfolgte der Umbau der romanischen in eine gotische Kirche mit Spitzbögen auf Wandpfeilern. Sie war der Jungfrau Maria, dem Apostel Petrus und dem Heiligen Urbanus geweiht. Der Turm blieb unverändert romanisch, auch dann, als man bei dem barocken Umbau im Jahre 1761 die Gewölbe aus der Kirche entfernte und das Kirchenschiff nach Süden verbreiterte Heute zeigt sich die Kirche mit einem barocken, nach der Art einer reformierten Predigtkirche, eingerichteten Kirchenschiff und einem romanischen Turm, dessen Süd- und Westwand um 1100 auf den Mauern der karolingischen Kirche errichtet wurde. Dieses karolingische Mauerwerk im unteren Teil des Turmes ist also rund 1200 Jahre alt und wohl das älteste Mauerwerk im alten Sachsenland.

Das Taufbecken in der Kirche wurde 1100 aus dem Material der Exernsteine geschaffen und zählt zu den ältesten Taufbecken Ostwestfalens. Erstaunlich ist auch das Alter der beiden Linden am Turm; sie sind über 650 Jahre alt.